Y system reoli yw elfen graidd canolfan peiriannu fertigol. Mae'n derbyn gorchmynion gweithredwr ac yn rheoli symudiad gwahanol gydrannau peiriant. Mae systemau rheoli fel arfer yn defnyddio systemau CNC manwl uchel, gan alluogi llwybrau peiriannu cymhleth a lleoli manwl gywir. Trwy reolaeth fanwl gywir y system reoli, gall canolfannau peiriannu fertigol gyflawni peiriannu manwl uchel, gan wella effeithlonrwydd ac ansawdd cynhyrchu yn sylweddol.
